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相較于一般常見的光子治療（X光治療），世界上僅有少數(shù)的放射治療中心可以利用質子進行癌癥治療。光子治療（X光治療）很大的缺點為「剎不住車」，當X光對腫瘤造成傷害后，它仍會穿透腫瘤并對腫瘤后方的正常組織造成傷害。即便現(xiàn)代的放射治療技術已大幅增加放射治療的準確度，這些治療區(qū)域外的無謂放射暴露，仍是光子治療（X光治療）無法避免的原罪。

和光子治療不同，質子治療具有「布拉格峰」之物理特性。當質子進入身體后，就如同深水炸彈，當射束進入到體內一定深度時才會將能量一次釋放，而在腫瘤后方的正常組織便不會有額外的放射暴露，進而減少放射治療可能產生的副作用。當副作用減少，很直接的便是病人生活質量的提升。

質子治療很常被提及的問題，便是它的療效有沒有比光子治療更好，這問題其實相當復雜。就很粗糙的說法，兩者的殺傷力相差不多，對于腫瘤控制率光子和質子應當沒有差別。但值得注意的是，當質子治療減少了正常組織所受到的傷害，我們便有機會在同樣程度的副作用下，進一步地提高治療的強度。換言之，質子治療打開了一些過去我們所無法治療的癌癥大門，很顯著的例子莫過于局部晚期的肝癌。

但質子治療并非完全沒有缺點的萬靈丹，利用光子與質子進行同樣的治療，其難度宛如騎自行車比上開砂石車。和光子不同，質子為帶電且具質量之粒子，因此質子治療需要配合昂貴且精密的設備才可進行治療。這帶來了質子治療的第一個、可能也是很明顯的問題－高昂的治療費用。除了經(jīng)濟問題外，質子治療對于腫瘤位置與深度的敏感性，也考驗著醫(yī)師與放射師們對于器官移動、對位準確度的了解與要求，這帶來了質子治療的第二個問題，治療時間相對光子治療更長。因此對于無法久躺、生命征象不穩(wěn)定的病患，質子治療便不是適合的治療選項。

總地來說，質子治療是相當富潛力的放射治療選項，但如何選擇正確的病人并設計很適當?shù)闹委熡媱潄碇委?，便考驗著醫(yī)師、物理師、放射師們的學識與經(jīng)驗。